> 初代院長　野依　良治

任期：平成14年4月1日〜平成15年9月30日
現職：名古屋大学特別教授、理化学研究所理事長

> 第二代院長　佐藤　彰一

任期： 平成15年10月1日～平成16年2月29日
現職： 名古屋大学名誉教授

> 第三代院長　後藤俊夫

任期：平成16年3月1日〜平成17年3月31日
現職：名古屋大学名誉教授、中部大学副学長

> 第四代院長　北住　炯一

任期：平成17年4月1日～平成19年3月31日
現職：名古屋大学名誉教授、愛知学院大学教授

>第五代院長　近藤　孝男

任期：平成19年4月1日～平成25年3月31日
現職：理学研究科特任教授

>第六代院長　安藤　隆穂

任期：平成25年4月1日～平成27年3月31日
現職：中部大学教授